Władzami Oddziału Warszawskiego SEP są:  Walne Zgromadzenie Oddziału (WZO) i Zarząd Oddziału. Organem kontrolnym jest Komisja Rewizyjna Oddziału. Organem orzekającym w sprawach o przewinienia dotyczące zasad etyki jest Sąd Koleżeński Oddziału.

Zarząd Oddziału Warszawskiego:

Prezes - mgr inż. Ryszard Marcińczak,
Wiceprezes - dr inż. Wiesław Brociek,
Wiceprezes - skarbnik mgr inż. Andrzej Englert,
Wiceprezes - mgr inż. Michał Grzegrzółka,
Wiceprezes - dr inż. Andrzej Marusak,
Wiceprezes - doc. dr inż. Wojciech Urbański,

Sekretarz - mgr inż. Konrad Krupa,

Członek Zarządu - dr inż. Janusz Jakubowski,
Członek Zarządu - mgr inż. Adam Jopek,
Członek Zarządu - dr inż. Tomasz Kisielewicz,

Komisja Rewizyjna Oddziału:

Przewodniczący- mgr inż. Maciej Bylica,
Zastępca Przewodniczącego - doc. dr inż. Krzysztof Amborski, 
Sekretarz - inż. Juliusz Talarczyk,
Członek Komisji - inż. Zbigniew Siennicki.

Sąd Koleżeński Oddziału:

Przewodniczący - mgr inż. Zygmunt Jarosz., 
Członek - mgr inż. Janusz Drużycki,
Członek - mgr inż. Krzysztof Falkowski,
Członek - mgr inż. Barbara Halicka-Pękala.

Organami doradczymi i roboczymi Zarządu Oddziału są oddziałowe sekcje i komisje.