Władzami Oddziału Warszawskiego SEP są:  Walne Zgromadzenie Oddziału (WZO) i Zarząd Oddziału. Organem kontrolnym jest Komisja Rewizyjna Oddziału. Organem orzekającym w sprawach o przewinienia dotyczące zasad etyki jest Sąd Koleżeński Oddziału.

Zarząd Oddziału Warszawskiego:

Prezes - mgr inż. Andrzej Englert,
Wiceprezes, skarbnik - mgr inż. Miłosława Kujszczyk Bożentowicz,
Wiceprezes - dr inż. Wojciech Urbański,
Sekretarz - mgr inż. Krzysztof Falkowski,
Członek Zarządu - dr inż. Wiesław Brociek,
Członek Zarządu - dr inż. Janusz Jakubowski,
Członek Zarządu - dr inż. Jacek Nowicki.

Komisja Rewizyjna Oddziału:

Przewodniczący - mgr inż. Zbigniew Siennicki,
Zastępca Przewodniczącego - mgr inż. Maciej Bylica,
Sekretarz - mgr inż. Juliusz Talarczyk,
Członek - mgr inż. Bogdan Kamiński.

Sąd Koleżeński Oddziału:

Przewodniczący - mgr inż. Ryszard Marcińczak,
Zastępca Przewodniczącego - dr inż. Andrzej Marusak,
Sekretarz - mgr inż. Barbara Halicka-Pękala.

Organami doradczymi i roboczymi Zarządu Oddziału są oddziałowe sekcje i komisje.